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抗菌药物的的疗程问题是一个非常复杂的问题，几乎每个人都有自己的看法。
一般原则：体温正常、症状消失后3-4天停用。正常宿主大多数细菌感染疗程一般1-2周。
延长治疗：下列情形时需要延长疗程，如免疫功能低下（糖尿病、系统性红斑狼疮、酒精性肝病、粒缺）患者的感染、重度感染、慢性感染（如感染性心内膜炎、骨髓炎等）、某些细胞内病原体感染和特殊病原体。
有些疾病需要延长疗程：1、性病淋巴肉芽肿，晚期梅毒，幽门螺杆菌胃炎，通常需要3周；2、慢性中耳炎、慢性鼻窦炎，急性骨髓炎，慢性肾盂肾炎，脑脓肿，亚急性感染性心内膜炎（草绿色链球菌），通常需要4周；3、急性细菌性心内膜炎（金黄色葡萄球菌、肠球菌），慢性骨髓炎（需外科干预），常常需要6周；4、慢性前列腺炎、肺脓肿，常常需要3个月；5、肺结核，肺外结核，放线菌病，假体相关感染（应在诊断明确后尽快去除材料），往往需要6个月；7、惠普尔病，往往需要12月；8、瘤型麻风，巴通体感染，HIV，往往需要超过12个月的疗程。
动态监测：白细胞计数、CRP和PCT 三项指标，有利于鉴别感染性和非感染性疾病，并有助于判断感染的轻重。但PCT的动态监测，则有利于确定治疗疗程和停药时机。
注意事项：1、抗生素见效时间与疾病性质、严重程度、患者免疫力、开始用药时间等有关。一般来说，需要3-4天才见效。需要仔细观察，耐心等待；2、疗程过短 那些需要延长疗程的情况，不应过早停药，，否则延误病情，并造成不必要的损失；3、疗程过长 当停不停，不仅造成资源的浪费，还增加不良反应风险、药物相互作用、二重感染、耐药等不良后果。
总之，抗菌药物的疗程问题非常复杂，众说纷纭，莫衷一是。但一切都应以临床为判断的根本标准，一切都在医者的掌握之中，“此心不动，随机而行”，抱准一切为病人的健康服务理念，就一定会找到一个最合适的治疗方案和疗程。
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